為因應武漢肺炎防疫，市長黃偉哲已要求各市場落實消毒，攤商及市場管理人員配戴口罩、勤洗手，並落實每日健康管理定時量體溫，並提供酒精及洗手液供民眾使用，全民一起防疫，婆婆媽媽都能安心採買。
黃偉哲市長表示，臺南市公有零售市場自治會與攤商亦積極配合市府宣導防疫觀念，提醒所有人員應做好自主健康管理，出入市場建議都能勤洗手，避免因新冠肺炎病毒透過接觸眼口鼻而導致感染，並張貼文宣宣導民眾洗手7步驟，才能真正降低感染新冠肺炎機率。台南市為全力防堵疫情流入市場，目前為止共計有38個市場於各入口處設置洗手台，提供酒精及洗手液供民眾使用，期能提供消費者安心採買環境。
經發局長陳凱凌說，除每日落實基本防疫工作外，考量民眾平日於市場採買，多使用現金交易，提高民眾接觸感染風險，成為可能的防疫漏洞。為減少因現金交易帶動病菌感染的機會，建議民眾至市場消費可以多加使用行動支付取代現金交易。虎尾寮市場於108年響應行政院行動支付推動政策，與街口支付合作導入行動支付，消費者可隨時取得攤鋪位產品資訊與評價，消費者購買產品可直接以手機支付扣款，還可獲得5%以上的街口幣回饋，目前已有6成市場攤位配合政策施行，藉由行動支付推行成果，可同時有效減少病菌藉由貨幣傳染的機率。