「安平工業區標準廠房」由經濟部工業局於66年指導中華工程股份有限公司(下稱中工公司)辦理規劃、設計、興建及審查，全部過程均由工業局主導與核定，臺南市政府重申當時過程中並未參與，與中工公司更無委任關係，經查工業局於82年9月將標準廠房土地所有權登記為臺南市政府所有，地上物(標準廠房)為中工公司所有，導致建物及產權使用無法合一。
臺南市政府表示，針對廠房土地租金市府曾以存證信函要求中工公司支付，但中工公司要求市府先行償還標準廠房開發成本20餘億元。為活化該廠房用地，市府於102年起辦理都市更新，惟因廠房持有者(中工公司)及多數地主均表反對，遂於108年停止都更。市府曾於108年邀集中工公司洽談合作辦理建物及土地活化事宜，惟中工公司仍表達應先解決標廠開發成本問題，再討論合作之可能。
臺南市政府進一步表示，監察院89年糾正案已明白指出安平工業區標準廠房係由經濟部工業局主導，考量該標準廠房土地爭議涉及開發歷史背景及契約關係等複雜問題，市府對本案均積極處理不間斷，目前正進行專案檢討包含法律權責等，基於維護市府權益未來不排除包含訴訟等各項措施作為。