為防堵武漢肺炎疫情擴散，中央流行疫情指揮中心擔心共食區成為防疫破口，要求減少座位數並增加隔板，黃偉哲市長為減少民眾用餐時飛沫傳染的風險，保障民眾用餐的安全，指示經發局於全市公有零售市場熟食區將陸續加裝座位隔板，並加強宣導室內應保持1.5公尺、室外保持1公尺之安全社交距離，讓消費者吃得更安心。
經發局長陳凱凌說，鹽水有橋南老街、月津港、八角樓等觀光景點為臺南古色古香的小鎮之一，每逢假日常有遊客前來逛老街、品嚐美食。為防範飛沫傳染風險，市府優先於鹽水觀光美食城設置示範區，設置座位隔板，讓民眾在吃飯時，也能夠多一層防護。
臺南市市場處表示，在其他防疫措施方面，也在美食城周圍張貼防疫宣導海報，提醒民眾要勤洗手、出入公共場所記得戴口罩等提醒標語，並劃設排隊安全距離，另也督導攤商定時以酒精消毒、定時廣播宣導民眾避免近距離交談及保持室外1公尺室內1.5公尺安全距離。
此外，考量疫情升溫，已要求攤商於營業時亦應全程配戴口罩，並定期進行環境消毒、於用餐後以酒精噴灑桌面消毒，以打造一個能讓顧客安心的用餐環境。